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장기보유특별공제는 다년간 발생한 양도소득을 일시에 누진세율로 과세함에 따른 과도한 세부담을 완화하고 물가상승분 조정 차원에서 도입된 제도이다. 시세차익을 얻기 위해 매입한 부동산을 단기간에 양도하는 부동산 투기를 근절시키려는 취지에서 마련된 제도이기도 하다. 보유기간에 대한 공제제도이기 때문에, 양도시점을 결정할 때 이 제도를 반드시 고려해야 한다.
장기보유특별공제의 적용 대상
장기보유특별공제는 양도소득세 과세대상 자산 중 토지·건물 및 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외)으로서 보유기간이 3년 이상인 경우에 적용한다. 다만 미등기자산은 제외한다. 또한 양도소득세 중과세율이 적용되는 경우도 장기보유특별공제를 받지 못한다. 현재는 양도세율 중과는 조정대상지역에 소재한 주택을 양도할 때만 적용되므로, 조정대상지역 외의 주택을 팔 때는 다주택자라도 장기보유특별공제 대상이 된다. 이는 현시점 기준이므로 추후에 양도소득세를 계산할 때는 양도 물건이 조정대상지역에 속하는지 살펴볼 필요가 있다.
장기보유특별공제 적용 시 보유기간 산정 방법
장기보유특별공제액 산정 시 보유기간은 취득일부터 양도일까지로 한다. 상속받은 재산은 상속개시일부터 양도일까지, 증여받은 자산의 경우에는 증여등기일부터 양도일까지를 보유기간으로 장기보유특별공제를 적용한다.
이월과세의 경우 배우자 또는 직계존비속으로부터 증여받은 자산을 증여받은 후 5년 이내에 양도해 「소득세법」 제97조 제4항의 이월과세에 해당되는 경우 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 증여자가 당해 자산을 취득한 날부터 양도일까지로 한다.
조합원입주권을 양도할 땐 조합원입주권 양도 시 장기보유특별공제는 권리부분의 양도차익을 제외한 기존부동산의 양도차익에 대하여 취득 시부터 관리처분계획인가일까지의 보유기간에 대한 적용률을 적용하여 계산한다.
장기보유특별공제 공제율
1가구 1주택자의 장기보유특별공제는 양도일 기준 3년 이상 보유한 주택에 대하여 1년에 8%씩, 10년까지 최대 80%의 세금공제 혜택이 있는데, 2021년 이후 내용이 개정되었다. 2021년 이후 매년 보유기간별 4%, 매년 거주기간별 4%씩 구분되어 공제혜택을 받게 변경됐다.
종전에는 양도하는 주택에 대하여 보유만 10년 동안 해도 최대 80%의 세금 공제 혜택을 받을 수 있었지만, 이제는 보유 10년, 거주 10년 조건을 채워야 최대 80%의 세금공제 혜택을 받을 수 있게 된 것이다.
다주택자일 경우, 토지와 건물의 공제율은 기존과 같다. 3년 이상 6%부터 시작하여, 1년이 지날 때마다 2%씩 공제율이 올라가고, 15년 이상부터는 30% 공제율을 한도로 한다.
(사례) 양도가액 20억 원, 양도차익 10억 원, 10년 이상 보유한 주택을 A는 10년 보유·10년 거주, B는 10년 보유·2년 거주했을 때
① A:2273만 원으로 세 부담 변동 없음.
② B:2273만 원 → 8833만 원으로 6560만 원 증가.
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